俄罗斯，伯大尼基地，五号机所在的机库内。
巨大而空旷的地下机库内，遍布着许多重型机械设备，以及各种等待组装的零件。
局地限用型暂设五号机(EVA-05)仰躺在大厅中央，机体现在还是半成品，下半身是屎绿色涂装的外部装甲，头部设备还未安装完毕，连接着密密麻麻的各色管线。
一个娇小的身影，在光学迷彩服的作用下，躲过了重重安检与监控摄像头，不断在各种障碍物的阴影里辗转腾挪，逐渐靠近半成品的机体。
这里只有几个值夜班的调试人员，完全没发现入侵者。
很快，那个模糊的身影终于靠近了机体，随手一翻，掏出一根梭形的红色晶体，朝着机体胸口的红色核心扎了进去。
那根晶体不知道是什么材料制成，竟然如扎豆腐般穿透EVA的核心，然后迅速溶解消失。
十分钟后，那个影子从基地外围的一个井盖钻出，看着不远处亮如白昼的基地地上建筑，将头套扒了下来，露出少女精致的脸蛋，紫红色的双马尾迎风飞舞，还戴着一副椭圆形镜片的红框眼镜。
唯一一个开EVA气定神闲会乳摇的妹子——真希波·玛丽·伊兰崔亚斯，出现了。
她长呼出一口气，双手托了托胸口那对硕大的欧派，抱怨道：“真碍事，差点卡住出不来，这件衣服快要勒死我了！”
“多亏了那家伙提供的地图，否则还真出不来。”她抹了一把额头上的细汗，拿出一个小巧的通讯器，发出了联络请求。
“源度君，幸不辱命，任务完成。”
“很好！你还有十五分钟的逃命时间，这是钝化剂的极限了。”听筒里竟然传来老碇的声音。
“别忘了你的承诺。”
“你放心。快离开吧，定位信息显示，你现在的位置并不安全。五号机S2机关崩溃后，方圆3千米内将没有活物。”
“没问题的，我在4千米外。”
“根据模拟计算结果，抛落物跟暴风会波及至8千米。”
真希波一看表，吓得胸前一颤：“怎么不早说！”
她马上切断通话，在草丛里扒出一辆流线型的摩托车，迅速启动后，以超过200码的速度急驰而去。
不料刚跑了不到30秒，少女回头一看，顿时吓得胆汁都上脸了。
只见基地所在的地方，地下猛地鼓起来，地上建筑在这一瞬间就彻底毁灭了。
紧接着，无数火光跟烟尘喷涌而出，犹如火山爆发，冲击波比声音还快，以半球形迅速扩散开。
轰！
天上下着水泥钢筋块，狂风席卷着热浪和砂石漫天飞舞，真希波驾驶的摩托一路狂飙，灵活地闪避着。
“哦噢——真刺激——”
她兴奋地大叫着，“Miss！Miss！全部Miss！”
嘭！
突然轮胎被一颗落地后再次弹起的水泥块击中，一阵噼里啪啦乱响，那辆充满科技感的摩托不断在水密地面翻滚摩擦，撞到路边的树上断成两截。
真希波早已被甩飞，如同一具破娃娃般滚了几十圈，倒在路边的灌木丛里。
“该死……”
昏迷前，她看到了自己的下身，血肉模糊一片……
真嗣是被一阵激烈的手机铃声惊醒的，这是他设置的特殊警铃，表示有大事发生。
“小Q，什么情况？”
“俄罗斯伯大尼基地发生特大爆炸，地面建筑全部被毁。”
“什么？！谁干的？”
“暂时不清楚。”
“马上调出伯大尼基地的相关资料给我！”
“好的。”
原剧情的伯大尼基地是一个致力于研究和封印第3使徒（新剧场版的使徒）的NERV支部，位于旧北极。该基地由欧洲与俄罗斯联合作业，基地内的所有指令均为英俄双语。基地自身被海水包围。EVA5号机驻留于基地中，负责封印守护。基地为适于5号机的移动而特别设计，如同地铁一般，EVA自天花板的轨道处获取电能作为能量，并通过肩部塔桥传导至机体，这个集电弓的设计取代了脐带电缆。
……
海明威说过，初稿就跟屎一样不忍细睹，那我这个连屎都不如……
下面为大家梳理一下EVA全机体的情况。
零号机，蓝白机体，女神座驾。
初号机，紫绿，不用说了。
二号机，红色，明日香。
三号机，黑，感染霰天使，被打残送回美国大修。
四号机，白色，炸了，尸骨无存。
五号机，全名为“局地限用型暂设五号机(EVA-05)”。屎绿色，老碇让真希波做手脚，自爆。
六号机，灰蓝色，代号Mark.06，月球之上的不明机体。SEELE称之为“真正的EVA”。mark.06就是四个发光巨人之一或者干脆就是第十二使徒改造成.
量产机0~13号。
时间线整理：
2015年【故事主线从这里开始】
……6月
——某日零号机进行连动实验失控，丽身受重伤。
——下午十二时三十分，第三使徒来袭，真嗣的初号机暴走将使徒打倒，最后使徒与初号机自爆但没有将初号机炸掉。
——美里正式成为真嗣的监护人，并且将真嗣接到家中同住，自此时起真嗣转入市立第一中学就读。
……7月
——上旬，第四使徒来袭，被初号机歼灭。
——真嗣离家出走，及后被谍报部寻回。
……8月
——月初某日上午九时左右，NERV研究第四使徒，但结果亦没有公布。
——某日下午二时左右零号机进行第三次连动实验，实验成功。第五使徒来袭，隔日被初号机用阳电子炮命中核心摧毁。
——某周三，JetAlone完成发表纪念会，为NERV所破坏。
——28日太平洋舰队运载贰号机与亚当至日本，下午第六使徒来袭，被下沉的两艘战舰零距离攻击，使徒被歼灭。
——隔日明日香转入市立第一中学二年A班就读。
……9月
——5日上午10时33分，第七使徒来袭，开始被贰号机切断，使徒居然一分为二。10时58分两机被使徒整成惨状。
——上午11时5分联合国空军利用N2地雷炸毁使徒甲表面物质约28%及使徒乙表面物质约27%。
——隔日，明日香搬进美里家与真嗣进行配合特训。
——11日上午初、贰两机同时重击使徒两个核心，消灭使徒。
——下旬，NERV在浅间火山口发现第八使徒，原想捕捉样本，但使徒在捕捉过程孵化，由D型装备贰号机歼灭。
……10月
——月初某周五，上午10时30分，零号机改，进行第二次延长活动实验，机体亦复修完毕，涂装改为蓝色。
——月初某周五，NERV本部大停电，第九使徒在旧热海登陆，三部EVA首次同时出动，并于同日击灭使徒。
——中旬，源渡和冬月自南极运送罗基奴斯长枪回本部。第十使徒在卫星轨道出现，以带AT力场的分体进行攻击，美里打算利用三架EVA直接阻止使徒下降，翌日作战成功，使徒被歼灭。
……11月
——上旬某日约上午11时，三位适任者进行直接以身体同步实验，途中MAGI被十一使徒入侵，并计划执行自爆系统，下午1时左右律子从CASPER传送自灭促进程式，消灭使徒。源渡对SEELE否认有入侵的事件。
——上旬某日，真嗣进行第一次机体互乘实验，结果失控。真嗣则于同日恢复意识。
——某周日，唯之忌日，真嗣与源渡到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣接吻；街上，美里与加持相吻定情。
——翌日，丽在本部深度地底设备中央部试验DUMMYSystem。地深两千八百公尺。最终教义区，加持被美里洞悉了真正身份，加持将天国之门打开，看见使徒亚当，实际上是LILITH。
——月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。
……12月
——月初，第十二使徒来袭，初号机被使徒的狄拉克之海吞没，翌日清晨初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭十二使徒。
——上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S2机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S2机关的实验。
——DUMMYPlug试作型开发完成。下午确认第四适格者为铃原冬二。叁号机运送至日本本部，其已被使徒寄生，叁号机起动实验发生事故，被作成十三使徒处理，初号机初次使用DUMMYSystem，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LCL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。
——三天后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GEO-FRONT。贰号机的双臂和头被刺飞，丽驾驶零号机抱着N2爆雷自杀式攻击无效，脸被切成两半。使徒将NERV本部基本摧毁，入侵主轴往中央教条区前进发令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S2机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LCL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。
——三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。
2016年
……1月
——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。
……2月
——上旬，第十五使徒来袭，后来零号机以朗基努斯之枪消灭目标。
——中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，丽的遗体在插入栓中发现，律子命秘密处理，真嗣发现丽毫发无伤，这其实已经是第三个丽了。
——几天后，美里解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。同时，律子破坏DUMMYSystem。
——下旬，明日香失踪。七日后，被谍报部二课寻回。
——第五适格者渚薰抵达NERV，真嗣对薰产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。途中薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。丽亦展开同等力量的AT力场，中和结界。
——最后使徒————熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线，天国之门开启，初号机捕获使徒，但渚薰自愿被初号机杀害。
……3月
——上旬，某日上午5时59分，美里终于知道第2次冲击的秘密。
——律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。