2090年，地球已经彻底变得不适宜人类生存，地球外部气温最低可达零下七十多度，大量黑户人类死亡，只有躲在家里享受政府食物供给的人类才能够苟延残喘。同年冷清秋对外宣布死讯，伟大的人类科学家清秋居士死亡，享年90岁。
2091年，由c国负责制造的第一艘创世者号飞船主体建造完毕，只剩下内部设施还未调配。同年欧萌与南美的创始者号飞船先后主体完工。同年朱晨星死亡，享年86岁。
2093年，非洲制造的创世者号主体建设完毕，非洲叔叔开始飞船试运行。可因为其中一位非洲调试员在调试过程中吸毒，错按了核聚变反应堆紧急排空按钮，导致核聚变反应堆出现毁灭性故障，非洲创世者号飞船爆炸，包括非洲最顶尖科学家在内的大量人员死亡。
2094年，南美洲智利和巴西为了抢夺对方的创世者号发起战争，最终双方同归于尽，创世者号也在战争中毁灭。
2095年，欧萌发生消失了两百年的黑死病疫情，整个欧萌人类在短短的一年之间死亡超过8成，俄国见状准备抢夺欧萌的创世者号，欧萌残余的高层知道欧萌已经灭亡，索性直接引燃了所有创世者号的核聚变反应堆，欧萌的三艘创世者号全部毁灭。
2096年，冷清秋向c国表示这是特鲁卡星人的阴谋，是特鲁卡星人在暗中操纵一切，开始控制人类自我毁灭属于自己的创世者号，不过同时冷清秋暴露了自己并没有死的真相。可惜此时的c国高层和冷清秋发生了严重的对立，c国高层甚至想要抓住冷清秋，抢夺冷清秋能够长生不老的秘密，最终冷清秋和朱晨星堕入太平洋海底基地之中，同时预见到事情要出现最糟糕情况的冷清秋开始带领冷木棉，冷雏菊，冷幼菊暗中搜索地球上的领航者。
2097年，所有幸存的创世者号飞船开始准备升空，带着幸存人类离开地球，飞向宇宙。可是当飞船升高到离地100米的时候就再也无法继续升空……此时人类惊讶地发现，地球的重力在不知不觉中已经增大了三倍。创世者号设定的离地推力已经无法再推动创世者号离开地球。
2098年，人类正式放弃对创世者号的改造，宣布创世者号计划失败，残存人类只能等待末日降临。同时木棉号飞船完工，冷清秋正式对外宣布木棉号飞船可以接收残余的人类，让所有人类安静的在家等待，他会派出小型飞船接收残余人类上船。
可实际上木棉号的容量只有100万人，地球上幸存人类却足足有1000多万人。冷清秋欺骗了这1000万人，他只是将中的30万c国精英以及他们的家属接到了木棉号飞船，冷清秋只是为了避免地球出现暴动才谎称能够将1000万人全部接上船，于是其余人类被冷清秋放弃。
2099年，在冷清秋的执意之下，直到地球毁灭倒计时的第十天，木棉号才从地球升空，进入宇宙轨道。十天后，在距离地球1000万公里位置上，冷清秋全程目睹了地球的毁灭。同时冷清秋发现宇宙中其实存在可以将毁灭的星球重新复原的技术，于是冷清秋暗中发誓，有朝一日一定要将地球给恢复到原本的样子。
离开地球后一个月，全速飞行的木棉号飞船正式离开了太阳系范围，抵达了广阔无垠的黑暗地带。同时幸存者中的领航者开始如同下饺子一般觉醒。在十年之内，木棉号中总共觉醒了671位领航者，不过其中多数为启迪者，只有少数其他种类的领航者。
2110年，冷清秋正式对木棉号中所有幸存者宣布，舍弃公元纪年，以人类离开地球那一日开始执行清秋纪，此刻为清秋纪年10年1月1日。
15年3月1日，木棉号后方位置出现一艘未知战舰，该战舰以特鲁卡文明E级军事侦察船的名义向人类文明宣战。虽然顾寒最终使用木棉号的禁断兵器击毁了这艘未知战舰，但木棉号损失惨重，1/3区域被彻底击毁，动力系统受到严重损害，幸运的是领航者因为保护严密所以并没有受伤。
不过通过勘察特鲁卡文明战舰里的情报得知，军事侦察船毁灭的消息已经上报给了附近的特鲁卡监测站，最迟在100年内就会有一支特鲁卡游骑兵舰队向人类文明发动最后的一击，特鲁卡游骑兵舰队的实力相当于军事侦察船的1000倍。
木棉号必须要修理才能够继续前进，最终顾寒通过完成宇宙游戏系统的任务得知了一颗拥有修复木棉号所有必要资源的大型陨石的位置，木棉号开始向那颗大型陨石出发。
35年6月7日，在经过足足二十年的航行之后，木棉号终于抵达了这颗大型陨石，冷清秋派出大量机器人执行木棉号的修复工作。
41年7月7日，木棉号内部发生暴动，一部分领航者企图抢夺木棉号和所有领航者的领导权。冷清秋猝不及防，情势一度陷入极度危机之中。幸亏最后冷清秋领袖者能力爆发，让包裹朱晨星，冷木棉，冷雏菊，冷幼菊在内的所有领航者强制进入昏迷状态，不知道何时何地才能够清醒。
叛乱虽然已经平定，可人类却暂时失去了他们引以为支柱的大量领航者，木棉号飞船的修复工作备受打击。
49年10月1日，人类在航行路径上撒下的监测器被摧毁，不过监测器最后却传来了特鲁卡文明战舰的图像，这意味着特鲁卡文明的游骑兵舰队将在一年之内抵达木棉号暂时停靠的陨石，而距离木棉号完全修复还需要两年的时间。
同年，冷清秋发现了朱晨星在昏迷之前留下的最后遗产，一门未完成的超量子粒子炮设计图，冷清秋在透支自己所有精力的情况下仅仅用一个月的时间就完成了这门超量子粒子炮的最后设计，同时开始命令所有机器人放弃修理木棉号，全力制造这门超量子粒子炮。
当特鲁卡文明游骑兵舰队抵达陨石之时，距离超量子粒子炮的最后完工还有三天的时间。冷清秋孤身犯险，以文明皇帝的身份主动进入特鲁卡文明游骑兵舰队之中向特鲁卡文明投降，并且表示所有人类愿意成为特鲁卡文明的奴隶，只希望特鲁卡文明能够放人类一条活路。
特鲁卡文明用嘲弄的语气拒绝了冷清秋的要求，同时告诉冷清秋，像冷清秋这样的领航者在宇宙中是极为值钱的商品，他们只将领航者抓为奴隶，其余的人类全部杀死。
冷清秋斗智斗勇，最终成功地拖延了三天的时间，三天之后超量子粒子炮在苏醒的冷木棉的命令下，不管冷清秋的死活，强行向特鲁卡文明游骑兵舰队开炮。
最终特鲁卡文明游骑兵舰队全灭，冷清秋也依靠在游骑兵舰队中找到的一个神秘方块保住了自己的性命。同时冷清秋终于想起了自己在宇宙游戏系统中选择的职业，那就是：皇帝
50年1月1日，冷清秋在宇宙游戏系统的强制任务命令下，在重新修复的木棉号飞船上登基称帝，成为人类文明的唯一皇帝，同时册历在和特鲁卡文明之战中立下大功的冷木棉为第一皇女，享有帝国的第一继承权，虽然此时的帝国只有一艘小小的木棉号飞船而已。