自吴长庆奉命带三营军队撤回中国后，留驻汉城的三营虽由记名提督吴兆有统带，但袁世凯总理营务处并会办朝鲜防务，相当于吴兆有的副手。-www.79xs.com-这时袁世凯又不适时宜的在往来公文和书信的落款上，给自己加了个“北洋钦差会办朝鲜防务总理庆军营务处袁”的字样，没想到这下子可惹了大祸。
庆军中的一些老将纷纷议论：袁世凯不就是一个二十来岁的‘毛’头小伙吗？老子的伤疤比他身上的汗‘毛’都多，论资格论战功怎么也轮不上他呀！关键是吴长庆非李鸿章的嫡系，李鸿章这当口把庆军一分为二，‘弄’得庆军上下对李鸿章都有看法，而且撤兵回营的吴长庆不久就去世了，这更让人怀疑他是被李鸿章气死的。
虽然袁世凯在书信中经常提及“吴大叔”对他的恩情及自己的报答之心，并在吴长庆去世时除了奉送一千两银子的奠仪外，还专‘门’派本营副将带领军士护其灵柩回安徽老家。但是由于李鸿章比较看好袁世凯，庆军上下就传出了风言风雨，说庆军搞成这个样子都是袁世凯联李排吴造成的。
于是，随吴长庆回国的张謇就给袁世凯写了一封长达三千字的公开信，笔调尖酸刻薄，丝毫不留情面，极尽挖苦、嘲讽之能事，历数其不学无术、品格低下、招摇撞骗、飞扬跋扈、忘恩负义、叛主求荣等三大可笑之处和十三大罪状。
张謇的名士之笔，把袁世凯骂得狗血喷头，臭不可闻。应该说，张謇的传统文人劣根‘性’也不是没有，他不关注制度本身的优劣，对‘鸡’‘毛’蒜皮、人事从属的小事却抓住不放，并大做文章。袁世凯读了张謇的公开信之后，一言不发，一字不回，当然也不再与其来往。
不过张謇这通犀利的痛骂，只是暴风雨来临之前兆，对袁世凯真正的打击却来自一向被袁世凯不为看好的吴兆有。
这次平叛干得干净利索，袁世凯的功劳最大。但是，由于功高盖主，霸气十足，他不但未获清政fǔ嘉奖，反而‘激’起了吴兆有等将领的强烈不满。其实吴兆有对袁世凯早有看法，只是未找到报复的机会。现在他乘势而动，开始上书弹劾袁世凯，说他贪污军饷，还说他不经请示即挪用军饷，抚恤被亲日派杀害的朝鲜大臣家属，还要求李鸿章给予报销。
李鸿章当然不会助长这种擅自挪用公款的歪风邪气，就严厉批评了袁世凯，说他“纯以银钱买结韩人之心，实属荒谬，所请责不准行”，并札饬吴兆有责令袁世凯自己掏钱赔偿。袁保龄得知，也写信痛训侄儿，要其悉数赔缴。
日本在朝鲜失利后，竹添进一郎诬指袁世凯无故攻击日军，伤害日商，烧毁日使馆，大肆鼓动惩袁**。日本扩张主义者借机示威游行，高呼“膺惩清国”。而中国拨回政变，已属侥幸，希望见好就收。所以对于日本要求查办袁世凯的要求迅速答应，并派钦差大臣吴大澄前往查办。
一月三日，吴大澄和续昌来到朝鲜马山浦。袁世凯即派人将事变经过的书面报告呈上，后在汉城又亲自谒见两位大臣，当面作了辩解，并自劾擅自计衅之罪。吴大澂、续昌并未加以责备，反而说他劳苦功高，竭力安慰。但怕其军队久驻朝鲜王宫引起日本人的猜忌，令其撤出，回归本营。
袁世凯镇压开化派本想邀功请赏，没想到得罪了日本，反招致各方面的指责，成为“众矢之的”，不仅升官成了泡影，就连现在的位子都有倾覆的危险，直气得他大叫“官运恶极”。虽然查办大臣袒护他，但吴兆有等一帮老将对他已是咋看咋不顺眼。
就在袁世凯极为愤慨而又心灰意冷时，其养母牛氏由于担心嗣儿的安危，吓得在老家得了重病，急着催他回去。于是，他向吴大澄请求回国探亲，以躲开这个是非之地。
对于袁世凯在“内外夹攻”处境中施展以屈求伸的策略，阅人无数的吴大澄十分赏识。他认为这是一个年轻人有着政治全局观的良好表现，在时事不利于自己的时候能选择离开，未尝不是一件一举多得的好事。为此，吴大澂不但准了假，还让他搭乘自己的船回国。
对于袁世凯的这次离开，当时有很多同僚和好友也都予以高度评价。例如，袁世凯到了马山浦时，亲自驾着小舟前来接他的丁汝昌就当面夸赞道：“功成退归，君舍得开，走得出，伟人也！”
一月三十一日，朝鲜兵曹判书金允植送走袁世凯后，写下了一篇短文，名曰《送慰廷归河南》。兹辑录如下：
名高人多嫉，功成众所忌，此事古今同，处世谅不易。曩值危急日，人皆敛手避，黜者怀首鼠，懦夫常惴惴。事定反觅疵，利**渐渍，遂将功为过，摧折丈夫志。君今浩然归，俯仰无所愧天日照孔昭，贤才岂中弃。相见知不远，努力勉王事。
在这首诗里，金允植把袁世凯比做了孔明，认为他的才干不是一般的中才，而是贤能的大才，因此要努力勤勉于王事。显然，这些诗句都充满了溢美之情，不过对于年仅二十来岁的袁世凯来说，能在朝鲜取得如此显赫的功绩，确实也是受之无愧的！
听说袁世凯离开了朝鲜那个“马蜂窝”，回到了相对安静的祖国，袁保龄拍着大‘腿’夸赞道：“凯侄脱身回里，觉此子狡狯，亦复胜其痴叔矣！”
回家路上，袁世凯到旅顺拜访了袁保龄。叔父进一步教导他：“行有不得，反求诸己。怨天尤人，有何益耶。”关于袁世凯与吴兆有之间的矛盾，叔父授意道：“汝在津万勿谈孝庭(吴兆有)一字短处。此事关人福泽度量，非仅防是非也。”
三月中旬，受此教导的袁世凯到了天津，在李鸿章面前一字不提吴兆有。倒是李鸿章憋不住了，主动过问吴兆有，袁世凯潇洒自如地答道：“我若有错，谁都可以说；我若没有错，错就在说我的人，与我有何相干？”
李鸿章眼睛一亮，大为感慨道：“人才啊，胆略兼优，能持大体！”