洪仁玕跑到太平天国总揽朝政的时候，左宗棠却倒了血霉，咸丰皇帝对他很厌恶，御批左宗棠可就地正法。
宝庆之战后，曾纪泽放走了石达开，左宗堂代湖南巡抚骆秉章给咸丰皇帝写了一封悔过书，上奏清廷说“官军虽兼程行走，终未能速到贼前，截其窜路。此则臣思虑所未到而深为惭恨者也”，有人向朝廷告恶状，说左宗棠总揽湖南军政大权，和太平长毛有一腿，故意放走了石达开，犯了欺君罔上的大罪。
这个告状的人，就是湖南永州镇总兵樊燮。
和樊燮一起状告左宗棠的，还有湖广总督官文，樊燮是官文五姨太娘家的亲戚。
他们还状告左宗棠身为师爷，只是举人，却在湖南地面骄横无比，独揽军政大权，甚至干涉朝廷的用人大计，这一点，说的倒是事实。
因为宝庆大战之后，咸丰皇帝已经从胡林翼等人的奏折中得知：石达开的最终战略目标，很可能是四川，到天府之国割据一方。
这是清廷难以忍受的，咸丰皇帝便开始命令各将严密布置官军防守四川。
曾国藩重新复出后，左宗棠一直在努力为曾国藩谋取督抚实权，他觉得清廷布防四川是一个好机会，只要运作得当，清廷有可能任命曾国藩为四川总督。
左宗棠和巡抚骆秉章商量之后，函告湖北巡抚胡林翼，请他促使官文领衔上奏清廷。官文是满人，朝廷对他没有猜忌，所以湘军将领要有什么大的行动，一般都是由胡林翼促使官文领衔上奏。只要官文愿意挂名，这个奏章在朝廷那里通过的可能性就大得多了。
果然，清廷答应官文的请求，命曾国藩率部入川防堵石达开。
然而，咸丰皇帝还是对曾国藩有猜忌，并没有任命曾国藩为四川总督，他不信任汉将，怕湘军也割据一方。
曾国藩其实是不想入川的。按照谋取东南的既定战略，曾国藩想进攻安徽，但朝廷一直不把湘军视为剿灭太平军的主力，只叫他配合绿营，对付已经成了流寇的石达开。
但是，带兵入川毕竟是胡林翼左宗棠等几个好友共同努力的结果，他不得不接受，硬着头皮逆江而上，一边慢腾腾前进，一边观察事态的新变化。
胡林翼见清廷始终不任命曾国藩为四川总督，知道咸丰皇帝对曾国藩还是不信任，便再次上奏，说外省军队进入四川，处境孤立，恐怕难以防堵石达开。他的言下之意，便是希望咸丰皇帝任命曾国藩为四川总督。
然而，这个时候咸丰皇帝仍然很忌讳汉族将领获得督抚实权，湘军的统兵大将中，只有江忠源和胡林翼做到巡抚，总督到目前为止，还没有任何人做过，江忠源死了，胡林翼还可以控制，咸丰皇帝实在不愿将督抚实权授予第三个湘军将领，那样对爱新觉罗的江山统治有害。
见咸丰皇帝始终不肯让步，胡林翼秘密来到湘军大营，和曾国藩紧急磋商。
当时，曾纪泽已经重新回到了曾国藩的身边。
胡林翼的意见，偏向于曾国藩不要再去四川。
曾国藩觉得这时圣旨已下，要是抗旨不尊，咸丰皇帝只会对他更加不信任，他靠在椅背上，习惯性地抬起右手，慢慢地梳理着胡须，问曾纪泽：“纪泽，你说说看，四川是否可去？”
曾纪泽双目晶亮，神采奕奕，回答说：“四川不可去，也不必去。咸丰六年逆贼内讧后，江西已渐为湘勇光复，逆贼势力只在苏南、皖中两处较为强盛。与长毛决战的主要战场，也只有这两处。现在石达开跑到广西，可以说气数已尽，广西土地贫瘠，养不了那么多军队，时间一长，他就会众叛亲离。长江两岸，我们每复一城池，长毛气焰辄消一分。“
这时，李鸿章也对曾国藩说：”图皖中，下安庆，攻江宁，门生从心底里佩服恩师高屋建瓴，深谋远虑，其取势百倍胜过江北江南大营。将来平巨憝，复江宁，非恩师莫属。”
“少荃啦，这等大事，不许信口开河。朝廷已对江宁逆贼撒下了天罗地网，你何以知下江宁者非我莫属？”曾国藩打断李鸿章的话，他转头问曾纪泽：“纪泽，你说四川不可去，不能去，道理在哪里呀？说说看。”
李鸿章素知老师行事谨慎，便不再说话。
曾纪泽回答曾国藩的问话说：“湘勇多年浴血奋战，已将长毛逼在皖中、苏南一隅之地，现在反而忽然掉头入蜀，到千里之遥去堵流寇，等于将这伸手可摘之熟桃让给别人。”
“这曾纪泽十分了得，长大了，越来越有远见，可能将来他的老子也远不及他。”胡林翼这时微微一笑，在心里思量。
胡林翼略加思索，对曾国藩说：“川督王庆云为人器局狭小，他也决不会愿意你入川。石逆目前确实已成流寇，军心不稳，此去四川，将很可能走向末路，不必动用湘勇这把牛刀。”
曾国藩觉得曾纪泽和胡林翼说得有道理，但他一时犯了难，自言自语道：“可是，皇上已经下旨，如何是好？总不能枉顾皇命啊。”
“这个好办！”李鸿章为人处事比较圆滑，平时就鬼点子多，他建议曾国藩道：“门生以为，恩师须立即向皇上陈明入川之非和图皖之要，同时亦请官帅、胡帅代为说明不能离开东南战场的原因；为使朝廷明白此中要害，恩师可密令目前在徽州、宁国的鲍超之部暂且撤离皖南。这样，陈玉成部的长毛一定会乘虚而入，翁中丞必定急奏朝廷，到那时官帅、胡帅再交章挽留，恩师可免去入川之劳。”
“这主意不错。”曾国藩不得不佩服李鸿章的处事之明。在湘勇主要将领中，彭玉麟忠贞，杨载福朴直，鲍超、李元度勇猛，曾国荃能打硬仗，却只有李鸿章能出主意，机巧应对朝廷，毕竟他在京城翰林院待过，手腕灵活！
胡林翼也觉得李鸿章的主意可行，便回去跟湖广总督官文商量，代为向咸丰皇帝说情，奏请曾国藩暂缓入川，留在湖北与胡林翼的楚军共图安徽。
曾国藩这时处事也比较圆融，为不使咸丰皇帝不悦，他尽起在建昌的水陆两支人马，慢慢踏上赴川的道路，走得相当之慢，一天也就行进十来里路，不时还以天气原因原地休整。
几个月后，当曾国藩的人马刚走到武昌，就接到了咸丰皇帝的上谕，命曾国藩暂驻湖北，与官文、胡林翼商进剿皖省之计，援川部队从湖南选调。
官文、胡林翼在武昌治酒为曾国藩道喜。席上，湖广总督官文提出派他的亲戚、永州镇总兵樊燮带两千人入川。这个樊燮，在石达开大军袭扰永州的时候，不认真筹备防守，天天和一帮狐朋狗友置酒高会，要不是曾纪泽率军援助，他早就丢了永州，结果宝庆会战过后，他被人告发弹劾。官文想让樊燮带兵入川，立功顶罪。这一点胡林翼和曾国藩心领神会，一致同意一起保奏朝廷。
于是朝廷调樊燮立即入川。湖南永州镇总兵樊燮接到命令后，兴冲冲地准备带着二千绿营兵启程入川。樊燮是湖南将领，入川之前，他按例到长沙去跟湖南巡抚骆秉章报告，要湖南巡抚衙门出具调令和推荐信。
樊燮为官不清廉，仗着是官文五姨太娘家亲戚有恃无恐，名声不好。湖南巡抚骆秉章对于樊燮的劣迹早有耳闻，湖南巡抚衙门接到不少参劾信函，骆秉章不愿得罪湖广总督官文，压着这些信不理睬，而且自1854年进入湖南巡抚骆秉章的幕府之后，左宗棠一直是湖南军政大权的实际操作者，樊燮来长沙办手续，骆秉章便让樊燮去找左宗棠。
这一日，樊燮带着几个亲兵入城，径直来到湖南巡抚衙门里。巡捕见是樊镇台，不敢怠慢，忙进内通报。
樊燮大步踏进签押房，没见到骆秉章，只见到左宗棠正在低头处理公务。
樊燮见左宗棠板着面孔，心中不快，打了招呼，就叉开两腿坐到他身边，摆着架子得意地说：“这次官中堂亲向朝廷保举在下去四川剿贼，樊某特来跟巡抚衙门办一些手续。石逆孤军远窜，成不了气候，樊某不敢夸口说一举获胜，但终究要剿灭那些乱臣贼子。”
听了樊燮这种欺世大言，左宗棠冷冷回应道：“朝廷调兵几十万，糜饷几万万，至今尚未把长毛平定下去；且石达开乃贼中枭雄，曾涤生侍郎都数败于其手，你说这话，不脸红吗？”
樊燮吹牛时并不脸红，强压怒火说：“左师爷，本官也不和你打嘴皮仗，以后你就看本官的厉害！”
樊燮来巡抚衙门，本是一种官场应酬，办好了手续，见气氛不好，转身便走，并不理睬左宗棠。
“你给我回来！”左宗棠觉得自己是代表湖南巡抚骆秉章的，勃然大怒，一声暴喝，如炸雷把樊燮惊吓到了。他停下出门的脚步，反问左宗棠道：“何事？”
“樊燮，你可知道湖南武官，无论大小，见我都要请安，你进衙门不向我请安，出衙门不向我告辞，是何缘故？”左宗棠暴怒，面色黑得要下阵雨。
樊燮虽为武官，但很要面子，出门从不骑马，要摆文职官员的谱，非坐轿子不可，被讥讽为“轿子总兵”，甚至连阅兵都坐轿子。湖广人消遣他说：“樊总兵阅兵：坐着看”，他要面子，见左宗棠当着很多人的面呵斥自己，也怒了，高声回答左宗棠说：“朝廷体制，武官虽轻，地位不比师爷贱，何况樊某乃朝廷任命的二品总兵，岂有向你这区区举人幕僚请安的道理？”
“举人幕僚”，这话有杀伤力！
中国传统的社会，“万般皆下品惟有读书高”，科举考场失意，没中进士，这是左宗棠心中永远的痛，这时被烂官樊燮看低，左宗棠一时语塞，恼羞成怒，气得环眼暴凸，燕颔僵硬，虎地站起来，冲过去，一脚飞踹樊燮，然后高声大骂：“王八蛋，滚出去！”
樊燮只得含恨退出，在长沙搜集了一下左宗棠的黑材料，窝着一肚子气跑到武昌，谒见湖广总督官文，添枝加叶地把左宗棠如何无视朝廷命官、骄横跋扈、独断专行的情形，向官文哭诉了半天。
所以说，******的，宁可得罪君子，不要得罪小人，尤其是有背景的小人。因为小人喜欢在背后捅刀子，防不胜防啊！
“左贼猖狂！”左宗棠居然敢对他的姻亲、朝廷指派的援川将领如此无礼，官文老大不快！当天夜晚，酒过三巡，官文便给咸丰皇帝上了一个折子，将樊燮所说的摘要写了几条，又给左宗棠戴了一顶“劣幕”的帽子，说他把持湖南，为非作歹，还把左宗棠早年一些旧账翻了出来：左宗棠先有谋同洪秀全造反的行动。当年长毛挥师北进，势如破竹。当其兵锋抵达湖南时，平民出身的知识分子左宗棠有过一番深思，认为天下大乱，首先倒霉的是平民百姓。他觉得当今国事败坏已极，朝廷上下相蒙，贤奸不分，对外屈膝投降，内部贪污腐化，外敌侵略无已。各地盗贼纷起。另外，左氏对朝廷的统治一直不满，曾经存有扶明灭清的思想，同情农民起义，加上科举道路与洪秀全相似，极不顺利。长毛攻抵长沙期间，左宗棠曾去拜见贼首洪秀全，共谋大计。左氏曾劝洪秀全“勿倡上帝教，勿毁儒释，以收人心‘’，洪秀全不听，左乃离去。这件事对左宗棠来说是很严重的：若为朝廷知道，这可是灭族大罪;从太平军中逃走，洪秀全对他也不会善罢。所以，他只好举家隐入深山梓木洞。最终经骆秉章等极力劝说，左宗棠才勉为其难，在骆幕供事六年，却骄横无比，目中无人。
官文的奏折对樊燮搜集的黑材料绘声绘色，还说左宗棠故意放走了石达开，让湘勇只追不堵，这是犯了欺君罔上的大罪。
咸丰皇帝以前也不知道左宗棠，见到官文这道奏章，大为吃惊，怒不可遏，立即在奏章上朱趣÷阁批道：“湖南为劣幕把持，可恼可恨，着细加查明，若果有不法情事，可就地正法。”
奏折递回武昌总督府，官文的六姨太知左宗棠与胡林翼是亲戚关系，便悄悄地把此事告诉胡林翼的静娟夫人。
静娟夫人怎能眼见自己兄弟的丈人吃官司不救，便求胡林翼设法搭救。胡林翼一面火速打发人送信到长沙，将事情原委告诉了左宗棠，一面发信给曾国藩当年的幕僚郭嵩焘和王闿运，让他们在京周旋。
郭嵩焘此时供职南书房，此为内廷词臣直庐，常代皇帝撰拟诏令谕旨，参预机务。王闿运则在已升为协办大学士的肃顺家当宾师。曾国藩率湘勇出省入鄂时，王闿运没有随行。咸丰五年，王闿运中举，次年赴京会试。会试告罢后留京温习，被肃顺看中，被请入府中。
胡林翼还给左宗棠报信，说官文不日将派人来长沙调查搜捕左宗棠，建议他先去安徽宿松的湘军军营躲一阵子，寻求在那里屯兵的曾国藩庇护。
左宗棠接到胡林翼的信后，借口赴京会试，向骆秉章辞职，含恨离开长沙，回湘阴小住几天后，便只带着一个仆人，冒着严寒轻舟乘船，北去宿松找曾国藩庇护。