朱由校对黄嘉善道：“兵部代为拟旨意，加封熊廷弼为兵部左侍郎，赐太子少保，全权负责辽东军务，辽东大文武官员一律受其节制，蓟、登、莱军务也受其节制，任何官员有违其令或怠慢者，不论官员品级，可请尚方宝剑先斩后奏！着户部拨发饷银三十万两，调拨给熊廷弼！”
黄嘉善吃了一惊，如此一来，辽东的军政大权都交给了他，整个北方的安全也就系他一人了。
可见，朱由校对熊廷弼寄予的厚望之重前所未有，而且这也远远的超出了一个二大员想匹配的官位，一个封疆大吏最高的品级也不过是从一品，像刚封的两江总督袁应泰就是从一品，而熊廷弼节制的地方可比两江大多了，已经远远超过了总督的权限。
“陛下，这，这合适吗？”黄嘉善抬起头轻声的问。
朱由校一怔，眉头一挑，以为他要抗旨，不高心：“怎么不合适？”
他俯首回道：“让熊廷弼节制辽东军政、蓟、蓟、登、莱军务，我大明从未有过这个先例呀！陛下赐他的官阶最高是兵部左侍郎，与职权不匹配。”
“哦，”朱由校明白了他的意思，原来是为这事。
朱由校心里有些抵触，赐给熊廷弼兵部侍郎衔不过是一个虚职而已，这帮文人却看的十分重要，真是迂腐。一个钦差还有时候不过五六品的官呢，地方督抚不一样是噤若寒蝉。
“辽东是非常之地，自当非常之事，卿不必计较官阶高低，照旨去做吧！”
黄家嘉善跪地叩首道：“陛下三思，熊廷弼是一方大员，执掌地方军政，若是官阶太低，恐怕有人不服，臣怕生出事端来。”
朱由校听到他的这一番陈词，忽然明白过来。他的没错，这个不得不考虑，熊廷弼虽然是正三品官位，但在地方上的正三品的文武官员也有，如果两房有矛盾，人家把官阶拿出来话，一句：“我也是正三品官，凭什么听你的？想拿尚方宝剑压我？可以，把我们一块砍了吧！”
这句话足以把人顶死！
熊廷弼本来就是熊脾气，许多人和他合不来，要是真的联手抵制他还真能出点『乱』子，历史上的熊廷弼之所以经略辽东失败不正是因为他与辽东官员失和酿成的么？
朱由校想到，要想解决这个问题只有一个办法，就是给熊廷弼再升官，让他直接入阁，以阁臣的身份署理地方军政，那就顺理成章了。朱由校决定效仿明末的督“督师”。
朱由校对黄嘉善道：“这样吧，朕封熊廷弼为武英殿大学士，准其入阁理政，以阁臣督师辽东军政，节制蓟、蓟、登、莱军务！”
黄嘉善一听，脑子一下子嗡响，真恨不得抽自己几个嘴巴子，没想到自己多一句嘴让熊廷弼一下子入阁了，比自己的官位还大，这家伙真是一步登啊！
这几怎么这么多人一步登？真是邪门了！
无奈，黄嘉善不敢多言，只得悻悻的接旨。
熊廷弼这下子可让人妒忌死了。
至此，明朝又多了一个超级大员——督师！
黄嘉善不敢耽搁，回到兵部八百里加急将圣旨发往沈阳。
坐在御座上，朱由校内心越来越不平静，他越来越恨努尔哈赤了，前世的时候读明清史时对努尔哈赤是大加赞赏，甚至有点喜欢这个英雄人物。英姿勃发、雄才大略，虽然嗜血暴躁，可无与伦比的军事才能让人赞不绝口，英雄豪杰，是热血青年的向往。今世的朱由校，则更多的是愤恨，“攘外必先安内”是他在为皇长孙的时候既定的国策，轻易不想打『乱』这既定的方针，而恰恰北方是他最不放心的地方。最理想的状态就是努尔哈赤能安静几年，让他好好的治理国政，等国家散文，府库充实一点，军队整饬完毕，在会师北伐，恢复大名盛世！可努尔哈赤真不是省油的灯，他一点都不让人安静，趁着明朝皇帝连连易主，国政不稳发起进攻，扰『乱』边境。
真让人添堵啊！
辽东之事，全赖熊廷弼了！希望他不让朕失望。
夜晚，让朱由校辗转反侧，彻夜难眠。整整一夜，让他想到了一项重大改革，这项改革是借鉴后世一项革新。
微微亮起，虽然朱由校一夜未眠，但精神仍然抖擞，此刻，他最为关心的是辽东军务，恨不得每时每刻的军务都想清楚的知晓，不过在这个时代，京师到辽东是千里迢迢，交通又不发达，通讯不畅，只能是快马加鞭人力传达。
朱由校在文华殿会见朝中重臣，宣布，为方便辽东军机要事及时传达宫廷，于隆宗门内设一值房，立临时军机枢密处，着首辅方从哲、兵部尚书黄嘉善、右都御史孙承宗、兵部主事赵忠南、茅元仪轮值军机枢密处，辽东一切军务无论昼夜，不经内阁兵部，直达内廷，辽东军务也皆有这些大臣参赞军机！
自此，本诞生于清代雍正年间的军机处在明代泰昌元年九月成立了。虽然机构的名字不一样，但『性』质是一样的。
自从军机枢密处成立，辽东军务来往确实方便了许多，由于不经过内阁或兵部转呈，也就不会受到内阁和兵部的影响，及时在夜晚宫门关闭也能快速的传递进宫，这样处理起军务来方便了许多，而且把内阁和兵部逐渐架空，使他们不能再处理军务，有助于加强朱由校对军队的控制。
军机枢密处用起来真是顺手，怪不得清代的雍正皇帝成立军机处就爱不释手呢！
一半夜里，朱由校正睡的香甜，一封急奏由当值的茅元仪送来。
皇帝曾有旨意，军机枢密处的奏报一律不得拦截，不管皇帝在干什么都必须送达。
乾清宫前当值的太监叫醒了朱由校，听是军机枢密处的奏报，立马起身唤进来。
朱由校在暗弱的烛光下打开来看，只见上面的是熊廷弼紧闭城门不出，努尔哈赤攻打部分城池不得，恼羞成怒掳掠边地村庄，杀边民两千余人，辽东守将群情愤起，多人欲出城寻机迎战报仇，熊廷弼不准，众将愤怒顶撞，他遂请出尚方宝剑压制群将才稍稍安静。最后又问三十万兵饷何时到达，兵饷再不至恐怕会引起兵变。
朱由校看的是惊心动魄，辽东又起战事，兵饷不能再拖了，于是连夜亲笔写下一道旨意，命令各将严守熊廷弼将令，有不听号令者，虽胜亦罪，定斩不饶！接着又急促户部运送兵饷，限期七日送达沈阳。
写完封好后，由军机枢密处连夜发出圣旨。
如此安排，朱由校心满意得，想来无纰漏，满意的睡下。
第二日，朱由校早朝见到户部尚书汪应蛟，询问兵饷运送情况。汪应蛟支支吾吾，府库合并，目前只有六万两压箱底的银子，兵饷正在筹措。朱由校听的大『惑』不解，登基前不是从内库拨户部一百万两吗？这才几就没钱了？
汪应蛟额头大汗直冒，浑身颤抖，支支吾吾，这一百万两用来发放宗室俸银，官员俸禄了，还朝廷已经欠百官俸禄很久了，宗室俸银更是数年未发，早有不少宗室成员跑到户部闹事。
朱由校听到汪应蛟的解释，气的七窍生烟，大骂汪应蛟无耻无能。
老子就这么点家底，恨不得一文钱掰成两半花，你倒是大方，一夜之间就花了个精光，还是去养一群寄生虫！『奶』『奶』的，给你钱都不会花，竟然用在了这上面，一分钱没给我剩下，要你何用！朱由校直接让人摘去汪应蛟的官帽，扒下官服，轰出大殿，罚没家财，命田尔耕带人直接抄家去。
汪应蛟被拖下去的时候大呼冤枉，求皇帝开恩，不时还抛眼球助首辅方从哲众位大臣，钱都发到你们手上了，关键时刻不能不替我求情啊。
大臣们看的是惊惊噩噩，有的吓的不敢吭声，把脑袋埋起来，有与汪应蛟关系好的也都用眼神求助方从哲，身为百官之首你得出面求情。
方从哲看着汪应蛟被拖拽下去，也看到那祈求的目光打在自己的身上，他知道，没自己的默许这钱也是发不下去的，这个时候得出来求情，要不然百官以后还怎么看他？门徒同党们还不寒心？
撒眼望去，还真有不少官员或明或暗的瞟自己。方从哲鼓鼓劲，出班奏道：“启奏陛下，汪应蛟动用国库发放俸禄，虽未请旨，但也是为大明社稷江山着想。万历四十六年以来，朝廷已经三年没有发放俸禄，宗室更是十余年没有领取，有的地方皇室宗亲没有生计，朝廷又久不发贡米银钱，竟有犯案入狱以求一饱者。汪应蛟虽然有罪，但罪不至此，还望陛下明察！”
方从哲一出面求情，许多大臣们也都纷纷出列求情担保。
朱由校本就对空虚的国库心急如焚，以后用钱的地方多着呢，汪应蛟连招呼都不打就把这一百万两发了下去，让朱由校大为光火，他曾明令无皇帝亲笔手令不得擅动一文，这明显是抗旨！本要严办，但见有这么多大臣求情，朱由校知道这里面一定有人撺掇他这么干的！以为有事年少的子不会把他怎样，哼！想错了！
不过，面对满朝的大臣为他求情，朱由校也为难起来。这是他当皇帝以来的第一次不顺意，如果执拗的处理汪应蛟明显的是和大臣们过不去，给大臣们发工资是经地义的事，皇帝也不能拖欠大臣的工资呀，虽然对于大员们来没人靠这点俸禄过日子，但京城各部的许多官们却很清苦，他们没有油水，只能靠那点微薄的俸禄过日子。
朱由校虽然很生气，但也不能不顾及大臣们，只得泄气的：“汪应蛟抗旨不遵，本欲严办，既然众位爱卿求就革去官职，回家养老吧！”
方从哲正要开口话，朱由校看在眼里，不等他开口忙道：“众位爱卿不必多言，再有多言着同罪！”朱
朱由校明白，汪应蛟是做了替罪羊，没有大臣们鼓动和首辅方从哲的同意，汪应蛟就是有一百个胆子也不敢动这一百万两。
大臣们面面相觑，方从哲想要的话不得不咽了回去。
这件事也让朱由校看到了另一个弊端，那就是宗室问题。如今朱元璋的子孙在册的就有十万之众，还不算女的。皇家造饶本事可真不。朱元璋制定的皇族爵位分封制是世袭的，而且为了防止宗亲篡权，不许他们致仕，规定皇族不得从事生产经商，完全由国家供养。二百多年过去了，这么多的人朝廷已经养不起了。
朱由校暗暗道：这群寄生虫，和我朱由校早就是八竿子打不着的本家了，还想混吃混喝，爷我也是穷人！今借着这个机会，要改改这个老掉牙的祖制。万历年间虽然允许奉国将军以下及无爵位者可从事农商、致仕，但还是太多。
于是朱由校颁布谕旨，宗室郡王以下不再领取朝廷供奉，可从事农商、致仕。
朱由校下完这道谕旨，朝臣们也都高兴，大臣中没一个是老朱家的，也就没人出来反对，去掉了他们的供奉，朝廷就能省下点钱给他们发俸禄，这是变相的裁员啊。
下完这道旨意，朱由校不得不又命从内库拨银三十万发往沈阳。短短十几，二百多万两银子没了，这让朱由校很是心疼。
户部尚书空缺，朱由校当场宣布，封孙承宗为户部尚书，文华殿大学士，入内阁。
大臣们的妒忌眼光再次抛到了孙承宗的身上，方从哲、韩爌、更不是滋味，这样一来内阁就有三人了，这两个阁臣感受到了压力。孙承宗的身份无人能及，堂堂帝师，这让多少人感到蛋疼！管你东林党、楚党、浙党、昆党、宣党的，有人家帝党牛吗？什么叫青云直上，孙承宗就是最好的诠释。
朱由校刚刚处理完汪应蛟的事，殿外一名太监来报，徐光启求见。
徐光启一瘸一拐的进来，朱由校在御座上远远看到徐光启憔悴了许多，衣衫也不整，如同在外摔了一跤，凌『乱』的进来。大臣们看到徐光启的狼狈样子，都是好笑，叫花子般进殿面圣，这可不是闹着玩的。方从哲板着脸很不高兴，指着徐光启责备道：“面见圣上你怎能如此脏『乱』，不修边幅，这可是大不敬！”
朱由校倒是不在意，笑道：“徐爱卿怎会如此难堪？”
徐光启跪地委屈道：“微臣奉命清丈京畿地区土地，怎奈一些豪绅刻意阻挡，差事很难进行，幸有地方官员协助，才能进校微臣在清查保定田地时，遭遇一处豪绅阻拦，并对微臣等极尽污语，还大打出手打伤多名学生，砸毁量具。微臣未能完成皇上交给的差事，罪该万死！”
“谁？这么大胆，朕拨给你们的锦衣卫呢？当地的官员呢？他们是怎么当的差！”朱由校怒道，真恨这些文人一点英气都没有，这官当的真是窝囊，也够给朝廷丢脸的！
“锦衣卫和官员们都不敢动，微臣才吃了亏。”
徐光启伏在地上痛苦道。
“什么人？”朱由校惊疑，连锦衣卫都不敢动，谁有这么大的权势？！
大臣们也是吃了一惊，京畿地区谁还有这么大的能耐，敢公然动手打朝廷命官，而且连锦衣卫都不敢动？
徐光启也真是，竟然能想着如此狼狈的面圣，故意到朱由校这里告状！